口腔黏膜由上皮和固有层构成，部分黏膜有黏膜下层。组成口腔黏膜上皮的细胞有角质细胞与非角质细胞之分。角质细胞由表层至深层共分为四层：角化层（上皮最表层）；粒层；棘细胞层（桥粒的结构受到破坏，上皮形成疱性病变）；基底层（上皮最深面）。基底细胞和深部棘层细胞亦称生发层，可补充表层脱落的细胞。

非角质细胞包括黑色素细胞、朗格汉斯细胞及梅克尔细胞。黑色素细胞来自神经嵴，含黑色素颗粒，在口腔黏膜中，牙龈、腭、舌等黏膜可出现较明显的色素沉着，可成为口腔黏膜色素痣和黑色素瘤的来源。朗格汉斯细胞为树枝状细胞，位于口腔黏膜上皮深部，是一种抗原呈递细胞，与黏膜的免疫功能有关。梅克尔细胞位于基底层内，可能来自神经嵴或上皮细胞。起触觉受体的作用。

光镜下见上皮和固有层之间有基底膜，由透明板、密板和网板构成。固有层中伸入上皮部分的乳头称为乳头层，其余称网状层。基本细胞成分是成纤维细胞，纤维主要是Ⅰ型胶原纤维。黏膜下层为疏松结缔组织，主要是为固有层提供营养及支持。