钟状期后期，成釉器的内釉上皮分化成熟，并对牙乳头发生诱导作用，分化为成牙本质细胞，开始形成牙本质的有机基质。在牙本质形成中矿化是首选在基质小泡中开始的，形成了最早的牙本质即罩牙本质。偶尔有的成牙本质细胞突起穿过基底膜，形成釉梭。牙本质矿化的形态主要是球形矿化。在成牙本质细胞层与矿化的牙本质间总有一层有机基质，称为前期牙本质。

牙乳头是产生牙髓的原始组织，牙乳头周围有牙本质形成时则称为牙髓。待原发性牙本质完全形成，牙髓发育也完成了。

当牙冠发育即将完成时，内釉上皮和外釉上皮在颈环处增生，向根尖孔方向生长，称为上皮根鞘。上皮根鞘包绕的牙乳头细胞形成根部牙本质。上皮根鞘继续生长并向根尖孔处呈45°弯曲，形成上皮隔。牙本质形成后，上皮根鞘发生断裂，断裂的上皮根鞘呈网状包绕在牙根的周围，进一步离开根面，部分可遗留在发育中的牙周膜中，称上皮剩余，也称马拉瑟上皮剩余，遇刺激可形成牙源性囊肿或牙源性肿瘤。发育中的牙根包括上皮根鞘、牙乳头和牙囊，这三者相互作用，在牙发育早期作为一个整体性的功能复合物被称为发育期根端复合体，具有更强的增殖能力和矿化能力。

牙周膜、牙骨质和固有牙槽骨均始从牙囊发育。