大部分HPV感染无临床症状或为亚临床感染，不能作为一个普通的临床疾病或通过常规筛查计划或性传播疾病调查得以发现，只能通过HPV检测得知。由于HPV不能在体外细胞培养，故不能用简便的血清学检测进行HPV诊断和分型。临床上用于检测HPV的方法包括细胞学方法、免疫组化、原位杂交、斑点杂交、核酸印迹和PCR等。

1．传统检测方法主要通过形态学和免疫学方法对HPV进行检测。前者包括巴氏涂片细胞病理学检测、电镜技术（直接观察病毒颗粒）、宫颈荧光检查等；后者包括免疫组化法通过抗HPV Ll蛋白抗体与外壳蛋白反应检测HPV、采用放射免疫沉淀法测定CIN组织和血清中的HPV16抗体水平、用血清免疫吸附试验（ELISA）检测血清中的HPV E6、E7特异性抗体蛋白等。

传统方法的特异度和灵敏度均不够理想，存在较高的假阳性率和假阴性率，且不便于对HPV进行分型，目前应用较少。

2．PCR检测HPV DNA此类方法可检测核酸杂交阳性标本中的HPV DNA片段，灵敏度高。包括常规PCR、实时荧光定量PCR（FQ-PCR）、PCR-ELISA检测及PCR结合反向点杂交技术检测等。不仅可以对HPV阳性感染进行确诊，还可以进行HPV的分型。操作简单，标本来源不受限制。其缺陷在于它的高灵敏性，易因样品的交叉污染而导致假阳性结果。

新型集成技术应用PCR的高灵敏性、导流杂交技术的高特异的特性，并通过多重定性的检测提高了准确性。该方法提供HPV16型、18型和其他12型共14种高危HPV型别（HPV31，33，35，39，45，51，52，56，58，59，66和68）汇总的结果，该方法将HPv16型、18型这两种最高危型别单列，将有助于初筛过程中分层分析和进一步筛查及处理。

3．杂交捕获HPV DNA分析此类方法有较好的特异度和敏感度，可以进行HPV DNA分型，各种核酸杂交检测方法有一定的优缺点。

（1）核酸印迹原位杂交：适用于HPV分型和HPV DNA分子量鉴定，虽然灵敏度高，但因操作复杂，需要新鲜组织标本，不便在临床大规模使用。

（2）斑点印迹：其敏感度和特异度均低于核酸印迹原位杂交法，虽然经济实用，但实验过程存在有放射性污染，为环保所不能轻视的问题。

（3）原位杂交：通过非放射性探针对石蜡组织进行检测，能作定位检测，假阳性率低，但灵敏度不高，大大降低了临床使用价值。

（4）杂交捕获法（Hybrid Capture）：是目前临床使用的一种检测HPV DNA的非放射性技术。基本原理是应用高效的液相RNA-DNA杂交方法捕获样品中的HPV DNA。采用碱性磷酸酶标记抗RNA:DNA抗体，化学发光信号显示系统。第二代杂交捕获法（HC-2）可同时检测13种高危型HPV（16，18，31，33，35，39，45，51，52，56，58，59和68），研究显示HPV DNA捕获法检测的灵敏度和特异度分别为95%和85%，目前广泛地应用于子宫颈癌的筛查和复查。

4．病理组织学检查结合原位杂交技术应用组织或细胞在病理切片上和分子探针进行HPV DNA杂交，既可观察组织学形态变化，也可对HPV进行分型检测，是较理想的病理学检测及研究方法。目前国内尚缺乏稳定的探针，且操作较复杂，不适于大规模筛查。

目前美国FDA已批准三种HPV DNA检测方法：①HybridCapture2（HC-2）（USA，2003）；②Cervista HPV HR（USA，2009）；③Cobas HPV（USA，2011）。