因为噬菌体主要由蛋白质外壳和核酸组成，所以，可以根据蛋白质外壳或核酸的结构特点对噬菌体进行分类。

根据蛋白质结构分类：

无尾部结构的二十面体：这种噬菌体为一个二十面体，外表由规律排列的蛋白亚单位——衣壳组成，核酸则被包裹在内部。

有尾部结构的二十面体：这种噬菌体除了一个二十面体的头部外，还有由一个中空的针状结构及外鞘组成的尾部，以及尾丝和尾针组成的基部。

线状体：这种噬菌体呈线状，没有明显的头部结构，而是由壳粒组成的盘旋状结构张博士医考搜集整理。

迄今已知的噬菌体大多数是有尾部结构的二十面体，这是因为正多面体是多面体里最简单的结构，搭建起来最容易，所以病毒喜欢采用正多面体的结构。而正多面体一共又只有五种，分别是正4， 6， 8， 12， 20面体，其中正20面体是最接近球形的，也就是在体积相同的情况下，需要更少的材料，更为节省。

根据核酸特点分类：

ss RNA：噬菌体中所含的核酸是单链RNA.

ds RNA：噬菌体中所含的核酸是双链RNA.

ss DNA：噬菌体中所含的核酸是单链DNA.

ds DNA：噬菌体中所含的核酸是双链DNA

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