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病因和发病机制尚不清楚，目前认为是多种因素和多种发病机制共同作用的结果，包括：①胃肠动力学异常：结肠电生理研究显示，IBS以便秘、腹痛为主者3次／分钟的慢波频率明显增加。腹泻型IBS高幅收缩波明显增加。对各种生理性和非生理性刺激（如进食、肠腔扩张、肠内容物以及某些胃肠激素）的动力学反应过强，并呈反复发作过程。②内脏感觉异常：直肠气囊充气试验表明，IBS患者充气疼痛阈值明显低于对照组。③肠道感染治愈后：其发病与感染的严重性及应用抗生素时间均有一定相关性。④胃肠道激素：研究还发现某些胃肠道肽类激素如缩胆囊素等可能与IBS症状有关。⑤精神心理障碍：大量调查表明，IBS患者焦虑、抑郁积分显著高于正常人，应激事件发生频率亦高于正常人，对应激反应更敏感和强烈。

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