感染性心内膜炎主要由链球菌和葡萄球菌感染引起。急性感染性心内膜炎主要由金黄色葡萄球菌引起，少数病人由肺炎球菌、淋球菌、A族链球菌和流感杆菌等所致。亚急性感染性心内膜炎以草绿色链球菌感染最常见，其次为D族链球菌（牛链球菌和肠球菌），表皮葡萄球菌，其他细菌较少见。真菌、立克次体和衣原体等是感染性心内膜炎少见的致病微生物。