牙本质构成牙齿的主体。牙本质小管在牙颈部则弯曲呈“——”形，称为初级弯曲，近髓端粗，直径约为2.5μm，近表面处约为1μm。成牙本质细胞突起为牙本质物质交换的主要通道。牙本质间质中的胶原纤维，主要为Ⅰ型胶原。在冠部的原发性牙本质称罩牙本质，厚约10——15μm；在根部的原发性牙本质称透明层。罩牙本质和透明层以内的牙本质称髓周牙本质。

围绕成牙本质细胞突起的环形的透明带称为管周牙本质，成牙本质细胞和矿化牙本质之间是一层未钙化的牙本质，称为前期牙本质。在牙本质钙化不良时，钙质小球之间遗留一些未钙化的间质，其中仍有牙本质小管通过，称为球间牙本质。

牙本质形成时，原发性牙本质的节律性沉淀速率约为每天4μm，称为短时生长线。还有约每隔5天的周期生长线，称为长期生长线或5天生长线。5天生长线也称埃布纳生长线。如发育期间受到障碍，则形成加重的欧文线。乳牙和第一恒磨牙的牙本质在出生前和出生后形成的牙本质之间也有一明显的生长线，即新生线。

死区是成牙本质细胞突起逐渐变性、分解，小管内充满空气，透射光下观察时，这部分牙本质呈黑色，常见于狭窄的髓角。近髓端常有修复性牙本质形成。