鳃裂囊肿又称为颈部淋巴上皮囊肿常位于颈上部近下颌角处，胸锁乳突肌上1/3前缘。几乎所有囊壁内衬复层扁平上皮，可伴或不伴角化，纤维囊壁内含有大量淋巴样组织并形成淋巴滤泡。第一鳃裂囊肿的囊肿壁内缺乏淋巴样组织，与表皮样囊肿相似。

甲状舌管囊肿是甲状舌导管残余上皮发生的囊肿。囊壁常见假复层纤毛柱状上皮和复层扁平上皮的过渡形态。纤维性囊壁内偶见甲状腺或黏液腺组织。

黏液囊肿是黏液外渗性囊肿和黏液潴留囊肿的统称。它常发生于下唇黏膜，外渗性黏液囊肿通常是机械性外伤导致黏液外溢进入结缔组织内，黏液池被炎性肉芽组织和结缔组织包绕，无衬里上皮。潴留性黏液囊肿是唾液腺导管阻塞、唾液潴留致导管扩张而形成囊性病损。