病因和发病机制尚未完全明确，根据高发区流行病学调查，可能与下列因素有关。

（一）病毒性肝炎

在我国，肝癌患者中约90%有乙型肝炎病毒（HBV）感染的背景。HBV感染→慢性肝炎→肝硬化→肝癌是最主要的发病机制，西方国家以HCV感染常见，也多循上述机制进展至肝癌，部分患者在慢性肝炎阶段就可发展为肝癌。

（二）食物及饮水

长期大量饮酒导致酒精性肝病，在此基础上的肝纤维化及肝硬化过程都可能引发肝癌。此外，HBV及HCV感染者经常饮酒，将加速肝硬化的形成和发展，促进肝癌的发生。长期进食霉变食物（粮食受黄曲霉毒素污染）或含亚硝胺食物、食物缺乏微量元素及饮用藻类毒素污染的水等都与肝癌发生有密切关系。

（三）毒物与寄生虫

亚硝胺类、偶氮芥类、有机氯农药等化学物质是可疑的致肝癌物质。血吸虫及华支睾吸虫感染均易导致肝癌。

（四）遗传因素

肝癌的家族聚集现象既与遗传易感性有关，也与家族饮食习惯及生活环境有关。不同种族人群肝癌发病率不同。

上述各种病因使肝细胞在损伤后的再生修复过程中，其生物学特征逐渐变化，基因突变，增殖与凋亡失衡；各种致癌因素也可促使癌基因表达及抑癌基因受抑；慢性炎症及纤维化过程中的活跃血管增殖，为肝癌的发生发展创造了重要条件。