膈下脓肿常继发于腹内脏器穿孔和炎症，如急性阑尾炎穿孔、胃十二指肠溃疡穿孔、肝脓肿穿破常引起右膈下脓肿，而胃、脾切除后并发感染，出血性坏死性胰腺炎常引起左膈下脓肿。病源菌多数来自胃肠道，常为大肠杆菌、链球菌、克雷白杆菌和厌氧菌的混合感染。由胸腔化脓性疾病扩散至膈下者，则以葡萄球菌、链球菌、肺炎球菌感染为主。

腹腔内炎性渗出物或脓液易积聚在盆腔而形成脓肿，最常见的原因是阑尾炎穿孔、女性生殖道感染所致的盆腔腹膜炎。