1、全身感染性疾病

上尿路感染的全身症状较明显易误诊为流行性感冒、疟疾、脓毒症、伤寒，通过病史询问注意有无尿路刺激征，以及肾区叩压痛、尿常规及细菌学检查等可以鉴别。

2、肾乳头坏死

半数以上的肾乳头坏死发生上尿病患者，多继发于尿路感染，也可见于滥用非甾体类抗炎药及尿路梗阻者。肾乳头对缺血敏感，当肾小动脉血流缓慢，缺血到一定程度，则发生肾乳头坏死。临床表现与典型的肾盂肾炎相似，但坏死组织脱落从尿中排出可引起肾绞痛、肾功能不全甚至肾衰竭，梗阻也可引起严重的脓毒症。逆行肾盂造影可见肾乳头不规则、肾盂（肾盏）扩张和造影剂侵入肾实质围绕肾乳头形成月牙形的“环形征”。

3、急性尿道综合征

也称无菌性尿频排尿不适综合征，有时与下尿路感染的临床症状相似，但前者尿沉渣镜检正常，尿细菌检查阴性。急性尿道综合征约占尿路刺激征的30%，病因不明，可能与局部刺激、性生活导致的创伤、外用避孕药的使用有关，部分患者可能与焦虑性神经官能症有关。