凡两性畸形经诊断确定须向女性方向矫治而存在肥大的阴蒂；或发育不良的小阴茎者均可将此阴蒂或小阴茎切除。并按实际情况同时或先后对无阴道者作阴道成形术或存在异位睾丸者作睾丸切除。

目前多数主张作阴蒂体或阴茎体全部切除，以免残留部分术后形成痛性结节，影响性生活。亦有主张作阴蒂悬吊于耻骨弓筋膜上，仅露出阴蒂头部而不切除者，因阴蒂为性感器官，保留后对性感及性生活有益。

切除阴蒂或阴茎的时机，对青春期或以后的病人，一经确诊应及早手术，拖延日久对性发育不利。如已开始性发育的女性生殖功能受到雄激素的过度抑制可发生退变，紊乱或萎缩，同时又可发生男性化症状而造成痛苦与心理变态。