脱矿层

位于透明层的表面，是在细菌进入前，酸的扩散所导致的脱矿改变，脱矿和再矿化同时进行。色素容易沉着，脱矿层可被染成棕黄色，在临床进行洞形制备时应将这些软化牙本质去除。有死区存在

细菌侵入层

位于脱矿层表面。细菌侵入小管并繁殖，有的小管被细菌充满→小管扩张呈串珠状

小管壁脱矿，有机物基质被蛋白溶解酶分解→小管彼此融合，形成坏死灶和裂隙

在扩张的牙本质小管、坏死灶和裂隙内充满了坏死的基质残屑和细菌。一般一个小管内为一种细菌，在临床上将脱矿层和细菌侵入层合称为软化层，治疗时应去除此层

坏死崩解层

这是牙本质龋损的最表层，牙本质完全破坏崩解，几乎无正常牙本质结构保留，只是一些坏死崩解的残留组织和细菌等