1、清热药抗菌作用弱。

清热药有60多种，至今还没有发现一个清热中草药像抗生素那样有很强的体内体外抗病原微生物作用，对某一类病原微生物所致的疾病（青霉素治扁桃体炎）能完全替代抗生素而单独应用于临床。体外实验结果显示，无论单味药还是其有效成分的抗菌作用强度，一般均不及抗生素。

2、清热药抗感染作用机制复杂。

此为清热药抗感染的一个特点，虽然清热药抗病原微生物作用弱，但在临床上对许多感染性疾病确有很好的疗效。这涉及应正确认识清热药的抗感染作用。其机制除了其抗病原微生物作用，还有抗毒素作用、抗炎、解热、增强机体免疫功能等一些作用。不同于抗生素（单纯的杀灭或抑制病原微生物来产生作用。）

3、清热药作用广泛

不仅有抗感染作用，还有其他药理作用。

如黄连对心血管系统的作用。金银花有保肝、降血脂、兴奋子宫等作用。

4、清热药毒副作用小

滥用抗生素问题，抗生素在毒副作用及耐药性方面的问题越来越引起人们的重视；庆大、链霉素对耳、肾危害大，四环素对骨骼、牙齿的危害。