（1）分离混合物

在中药提取物的有效部位中，往往含有结构相似、理化性质相似的几种成分的混合物，用一般的化学方法很难分离，可用色谱法将它们分开。

（2）精制化合物

在提取、分离得到有效成分时，往往含有少量结构类似的杂质，不易除去，也可利用色谱法除去杂质得到纯品。

（3）鉴定化合物

在一定条件下，纯粹的化合物在薄层色谱或纸色谱中都有一定的Rf值，在气相色谱和高效液相色谱中有一定的保留时间，所以利用色谱法可以鉴定化合物的纯度或利用标准品的对照来初步确定两种性质相似的化合物是否为同一物质。