含麝香酮、降麝香酮、麝香醇、麝香吡喃、麝香吡啶、羟基麝香吡啶-A、羟基麝香吡啶-B、3-甲基环十三酮、环十四烷酮等。亦含胆甾-4-烯-3- 酮、胆甾醇和它的酯类、睾丸酮、雌乙醇、5α-雄烷-3，17-二酮等11种雄烷衍生物。尚含蛋白质与氨基酸， 麝香中含蛋白质约 25%.麝香中发现一种分子量为1000左右的肽类活性物质，并分离出一种分子量约5000～6000的多肽， 其醇溶物中含4种游离氨基酸，即精氨酸， 脯氨酸、北京张博士医考搜集整理甘氨酸和丙氨酸。将醇溶物用丙酮、甲醇和水提取，水解后的氨基酸分析表明： 甲醇提取物中氨基酸含量最高，其中以天门冬氨酸、丝氨酸、胱氨酸等含量最高；丙酮提取物中谷氨酸、缬氨酸、组氨酸和甘氨酸较高。

此外，麝香中还含钾、钠、钙、镁、铝、铅、氯、硫酸盐、磷酸盐和碳酸铵以及尿囊素、尿素、纤维素等。

麝香酮为重要的有效成分，其含量占天然麝香肉中的1.58%～1.84%，占天然麝香毛壳中的0.90%～3.08%，已经能够人工合成。

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