杵状指见于多种情况，包括一些心血管系统疾病、许多肺部疾病以及营养障碍性疾病。偶然也可以是先天性的且不伴任何疾病。心血管疾病中常见于发绀型先天性心脏病、亚急性感染性心内膜炎等。在肺部疾病中，杵状指最常见于肺部肿瘤和慢性脓毒性疾病（如支气管扩张症和肺脓肿）、肺内分流（如动静脉瘘）也可引起杵状指。伴有杵状指的肿瘤通常是恶性的，但也曾有报道肺或胸膜良性纤维瘤伴有杵状指。杵状指不常见于慢性阻塞性肺病或慢性肺结核的病人，如果这类病人出现杵状指，应怀疑肿瘤。营养障碍性疾病中可见于肝硬化。

杵状指也可能是是由于梅毒引起。

杵状指为法洛四联症的典型症状。

杵状指也可由特发性肺纤维化引起。