室间隔缺损时，每当心室收缩期，血液通过缺损产生左至右分流。婴儿出生后头几周内，由于肺小动脉仍保持某种程度的胚胎期状态，肺血管阻力仍较高，因此左向右分流量较少，此后分流量逐步增多，使左、右心室负荷均增加（注：由于左向右的分流，右室容量负荷增加，久之右室肥厚）。起初，随着肺血流量的增多，肺总阻力可作相应调节，因而肺动脉压力增高不明显（肺血管床正常时，肺血流量增加4倍，仍可赖肺总阻力的自身调节而保持肺动脉压力无明显改变）。继之 ，肺小动脉发生痉挛、收缩等反应性改变，肺血管阻力随之增加，肺动脉压力亦相应升高，肺静脉和左心房压力反见下降，肺间质水肿和肺组织顺应性相应好转，呼吸功能和呼吸系感染等可随之改善。但是肺小动脉却逐步由痉挛等功能性改变，产生严重的肺动脉高压。最后左向右分流量由逐步减少发展成双向分流，以至最终形成右向左的反（逆）向分流。

注：左到右分流，右到肺血流，肺血流到左。肺血流量增加了四倍（儿科学则描述为3-5倍），病情进展到晚期，则是右向左。在肺血流量增加4倍，左室是处于高度充血性状态，可发生肥大，当发生右向左分流时，左室亦可发生肥大。其它要考虑的：个体差异性，缺损的大小，其它疾病的影响等等。