1.内源性超抗原（病毒性）

70年代初Festenstein发现在MHC相同，而MHC以外基因区不同的纯系鼠间进行淋巴细胞混合培养，可引起很强的T细胞增殖反应，将刺激这种增殖反应的抗原称为次要淋巴细胞刺激抗原。

近年来证明这种内源性MLs抗原是小鼠乳腺肿瘤病毒产生的蛋白。MMTV是一种逆转录病毒，以前病毒形式整合于小鼠细胞DNA中。这种小鼠可终生制造这种病毒蛋白，因之可视为一种自身超抗原。这种小鼠内源性MLs抗原的化学性质现已证明是一种糖蛋白。

由于MLs抗原的来源已经清楚，故目前称这种小鼠的内源性超抗原为病毒性超抗原。人类是否也有这种病毒性超抗原，目前尚不能肯定，但有人提出人类免疫缺损病毒（HIV）也是逆转录病毒，有可能是人类的病毒性超抗原。

2.外源性超抗原（细菌性）

外源性超抗原是一类细菌性外毒素组成，主要由革兰氏阳性细菌产生。如金黄色葡萄球菌产生的肠毒素以及链球菌产生的致热外毒素等。