1、龈下的滞留区

龈下菌斑位于龈缘下的龈沟或牙周袋内，是个相对滞留区，使一些不能在牙面粘附的细菌可以在此停留下来而不被唾液冲刷或咀嚼、吞咽等活动排斥。因此，口腔中大多数可动菌都是定居于此区，如月形单胞菌、螺旋体、弯曲杆菌、弧菌、嗜二氧化碳噬纤维菌等。

2、龈下的理化环境

龈下区特殊的生理状况对细菌组成的影响也是很大的，牙周袋中氧化还原电势（En）低，有利于厌氧菌的生长，构成了龈下菌斑中主要菌群，如牙周袋关系密切的正常厌氧菌群包括牙龈卟啉单胞菌、普氏菌属、梭形杆菌等菌。