牙菌斑内糖代谢，细菌利用底物产酸，酸使牙齿脱矿，即牙齿矿物成分的脱矿或溶解，这是龋发病一系列过程中，最重要最具实际意义的步骤。

从物理化学机制方面认识牙齿的脱矿与再矿化过程，我们可以将牙齿看作简单的由羟磷灰石[化学式为Ca10（PO4）6（OH）2]组成的固态物质。作为固体的牙齿，在正常的口腔环境下是不会发生溶解或脱矿的。这一方面是由于组成牙齿的矿物在化学上是十分稳定的，另一方面是由于牙齿周围的液态环境（唾液）含有足够量的与牙齿矿物有关的钙磷成分，对于牙齿矿物是过饱和的。而在龋的情况下，牙菌斑的液体环境（菌斑液）是相对独立的，在唾液无法达到的区域尤其明显。含致龋细菌的牙菌斑，在糖代谢时可以产生大量有机酸，改变菌斑液中钙磷的活度（有效离子浓度）的比例，使牙齿处于一种极度不饱和的液态环境中。这样，由于与牙表面接触的液态环境发生变化，即由正常的对矿物过饱和的唾液变成了对矿物不饱和的菌斑液，牙齿矿物溶解开始。