潜伏期为2-6天，通常3-4天。患者为突然发病，约半数患者出现发热。

皮疹在发病当天或第二天出现，1-2天出齐。先是玫瑰色红斑或斑丘疹，1天后即有部分皮疹形成疱疹，可于2-4天后吸收干燥，大多数孩子伴发热，约37℃-38℃，个别可达到39℃甚至40℃。

病毒进入人体内后人体的免疫功能必然会引起足够的强烈反应。一旦人体内免疫功能很强时，许多病毒即被机体所清除。

大多数手足口病患儿10天左右可以康复，极少数可因病毒对机体造成严重病理损害。

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