1．新生儿疾病筛查新生儿哺乳3～7天，针刺足跟采集外周血，滴于专用采血滤纸上，晾干后即寄送至筛查实验室，进行苯丙氨酸浓度测定。如Phe浓度大于切割值，应进行进一步检查和确诊。

2．苯丙氨酸浓度测定正常浓度＜120μmol/L（2mg/dl），经典型PKU＞1200μmol/L，中度PKU＞360μmol/L～＜1200μmol/L，轻度HPA＞120μmol/L～≤360μmol/L

3．尿蝶呤图谱分析主要用于BH。缺乏症的鉴别诊断。尿蝶呤谱采用高压液相（HPLC）分析尿中新蝶呤（N）和生物蝶呤（B）。如因6-丙酮酰四氢蝶呤合成酶缺乏所致的BH₄缺乏症，尿中新蝶呤明显增加，生物蝶呤极低，N/B增高，比值（B/B＋N%）多＜5%。尿蝶呤图谱分析显示异常者需进一步确诊。

4．DHPR活性测定二氢生物蝶啶还原酶缺乏症时该酶活性明显降低。

5．DNA分析目前对苯丙氨酸羟化酶、6-丙酮酰四氢蝶呤合成酶、二氢生物蝶啶还原酶等基因缺陷都可用DNA分析方法进行基因突变检测，进行基因诊断和产前诊断。