面对外界“药房托管”终结之声不断，作为“药房托管”模式试点的唯一医药物流企业——南京医药股份有限公司（以下简称“南京医药”）副总裁何金耿在9月底接受记者采访时阐明了完全不同的现实：“目前没有任何迹象显示要终结药房托管模式，我们与相关医疗机构之间的合作也没有受到任何影响。”
　　何金耿说：“我个人认为，目前外界关于药房托管模式违背医改大方向的说法是不能让人信服的，实在找不到要就此终结药房托管模式的理由。相反，我认为现有的模式不仅不与医改和药品购销政策方向矛盾，反而是对现有药品招标政策的一种深化，并且对完善现有医疗机构药品供应链管理产生积极的影响，是在国家对公立医院投入不足情况下的一种现实选择。”
　　唱衰“药房托管”模式者认为，目前的模式与基本药物制度的实施、公立医院改革方向存在相悖之处。如新医改方案中关于公立医院改革的方向是取消药品加成，但“药房托管”模式下医院药房的所有权与经营权虽然分开，然托管公司南京医药仍按约定将药房收益的一定比例分成给医院。据有关数据显示，目前这一分成的实际比例达到了35%甚至更高，这其实也就是变相的药品加成。
　　另外，新医改方案中提出，在未来三年，基本药物制度将在全国范围内二级以下医疗机构实施，基本药物由国家统一定价、集中采购，并实施以省为单位的集中采购，由政府指定统一的配送商。基本药物在基层销售遵循零差率原则，而南京“药房托管”目前涉及200家二级以下的基层医疗机构，药品并不是施行零差率销售。
　　显然，“药房托管”的关键争议在于其理想使命和现实变异。历史上的南京“药房托管”模式不过是各方利益链的重新分配，正确的回归应该是以此为探索、改良，朝向医疗机构药品供应链管理优化的道路走。简单讨论“药房托管”模式终结与否并无太大意义。江苏省卫生厅办公室有关人士也透露，拟定中的有关方案，正在考虑将各地级市已有药品集中采购系统，统一整合到省级平台之下，包括南京市正在试行
的药房托管平台。但相关政府部门尚未证实“药房托管模式”将终结的说法。

变异
　　“药房托管”模式自2006年在南京市全面推行以来，这个模式的利益分配方式也一直为业界争议。分析现有的“药房托管”模式，无非有三种：第一种方式是一家医药公司托管一个医院的药房，然后两家分成；第二种方式是政府按地域将医疗机构分片组合，公开招标捆绑托管给一家医药公司；第三种方式是，以区县为单位，各医疗机构将药品采购权、购药资金的结算权和药品销售收益的分配权委托给政府采购中心。
　　“药房托管”设计的规则是首先须保证医院的基本利益，托管公司只是保持微利，同时挤出利润空间让给老百姓，三方共赢。这是一个从终端销售市场，倒逼医药公司与药品生产企业的链条设计。
　　药房托管以后必须实行集中采购，购买方力量增强，在一定程度上压缩流通环节利润。反过来，药品生产商和经营商，免除了“贿赂医生开药”的成本，药品也有一定降价空间。 不论采用哪种托管方式，医药公司与医院之间的利润分配是两者之间能否达成协议的关键因素。客观上说，在当前财政对卫生投入严重不足的情况下，医院必须依赖药品收入来维持运转。在利润分配上，医药流通企业就必须保障医院来源于药品经营的利润收入。因此在托管后，医院从药品经营中获得的利润水平必须与原来基本一致。
　　南京市实行“药房托管”后，通过公开遴选，只确定了一家医药经营企业即是南京医药，该公司按约定支付一定比例分成给医院。这个 “比例分成”的标准是多少就是关注的焦点。
　　根据国家发改委的规定，允许的药品生产企业利润率为7%，药品零售利润率15%。“药房托管”之后，根据医院与托管企业之间的协议，医院与托管企业之间的分成比例已经从最初的35%达到了40%，有些甚至已经达到45%。
　　有知情人士透露，在“药房托管”全市推广之初，参与招标的公司为了中标，竞相把分给医院的利润报到很高。如最初，栖霞区内医院从销售额中提成顶多30%、35%，后来医药公司为了中标不断加码，直到现在最高向医院支付到45%。
　　医院能得到45%的收益提成，已经远远超过了发改委的规定界线。而据当地的统计测算，在实施“药房托管”前，南京绝大部分医院的药品收入毛利率为25%左右。医药商业企业的利益从何而来？
　　当然，医药公司在托管药房后，掌握了医药商业公司向医院的供药渠道，自然增加了医药商业企业与药厂谈判的筹码，压低进药价格去保证获利，也能促使药厂的利润水平回归正常。
　　这就出现了很奇怪的现象，托管以后，医疗机构却能拿到40%的收入分成比例，商业公司还负担医院的人员费用、库存压力等等，商业企业不可能无利可图，医院也要赚得更多，老百姓的实惠从何而来？有调查表明，“药房托管”前，医院收入的50%甚至更多来自于药房收入，托管后，这部分药品利润约有相当一部分被托管的医药企业赚走，为了弥补这一部分损失，医院就会在患者身上打主意，南京的一些患者发现，虽然药品价格比过去降低了一些，但与改革前相比，有品牌的药品越来越少，除此以外，患者在医院看病时，明显感觉到检测项目在增多。
　　医院也并非将药房一“托”，药价就降下来了。曾有人暗访南京
医疗托管机构，结果发现，同样是“感冒、咳嗽”，在不同的“药房托
管”医院开出的价格也大相径庭，竟然有30元至200元的悬殊。

使命
　　“药房托管”模式推行之初受到政府和部分研究机构的高度关注并强力推行，正是缘于支持者认为这种模式有利于推动“医药分家”。
　　记者调查“药房托管”模式出现、发展过程中却发现，“药房托管”的最初雏形几乎带有“无心插柳柳成荫”的成分，南京市卫生局在做托管政策设计时，并没有从医药分家的角度来考虑。
　　2003年，南京市栖霞区新建了一家名为尧化医院的卫生院，由于医院初期投入并不充足，药剂人员紧缺，医务人员配备也少，于是，尧化医院考虑把药房托管出去，由医药公司来代替经营。当时的考虑是托管以后自己就不需要掏太多的成本采购，还可要求医药公司来配备药剂人员。
　　试行了一年以后，在2004年底，尧化医院向南京市卫生局汇报了他们的试点情况。在汇报材料中，尧化医院称，“药房托管”之后，医生的回扣少了，医药代表也少了，利润空间直接转移到了医院。
　　这个无意中的汇报材料，却引来了栖霞区纪委的兴趣，认为这是个打击医院和医生收受药品销售回扣的好办法。经过南京市纪委的认可，试点材料被交给南京市卫生局研究推广。
　　经过半年的方案设计，2005年中，南京市雨花区政府开始在区内二级医院推行“药房托管”。自此以后，2006年5月，南京市又开始对全市13个区近200家二级、一级医院药房推行托管计划。
　　2008年5月，南京市9家三级医院也开始试行“药房托管”，不过不再是选择与医药商业企业合作，而是由南京市卫生局等多家相关政府部
门联合成立了南京市药品集中托管中心。
　　时至今日，在南京市卫生局内负责“药房托管”工作的，仍是纪检部门。只是经过试行之后，这一模式事实上改变了医药销售与分利的既有格局，“药房托管”也因此同时被赋予了特殊的定义，被认为是对医疗体制改革中“医药分家”的创新性尝试。