水飞法在很多方面有它独特的地方。因水飞法是在加水条件下研磨，可减轻矿物药在研磨时产生的热变化和氧化，并可防止药粉飞扬。借水对药粉的悬浮作用，可除去体轻的非药用部分以及被水充分溶解的物质。如药材里含有几种矿物时，研成糊状后，加水至容器满，可刮去表面飘浮的粘土，古称“打去浊汁”；若每次只倾出悬浮液的上半部分，比重大的可弃去或经检查后弃去。如炉甘石常用此法去除粘土及较富铁、铅的质重部分、以及二氧化硅杂质等。又如雄黄可用此法除去药材中部分As2O3.若增加用水量，与As2O3相应的矿物组份砷华或白砷石等将会更多地被溶失。

在水飞之前，将样品予检更会提高水飞效果。此外，水飞时药材与水长时间接触并撞击，矿物的悬浮液酸碱度也不同于水介质，经水飞的样品与水飞前的疗效比较，一般应好于未水飞者。

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