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组成蛋白质的氨基酸有20余种，但由遗传密码编码直接合成肽链的只有20种氨基酸。根据它们的侧链（R）基团的结构和性质分为以下四类。

（1）非极性R基氨基酸：这类氨基酸的特征是在水中溶解度小于极性R基氨基酸。包括4种带有脂肪烃侧链的氨基酸（丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸）；2种含芳香环氨基酸（苯丙氨酸和色氨酸）；1种含硫氨基酸（甲硫氨酸）和1种亚氨基酸（脯氨酸）。

（2）不带电荷的极性R基氨基酸：这类氨基酸的特征是比非极性R基氨基酸易溶于水。包括3种具有羟基的氨基酸（丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸）种具有酰胺基的氨基酸（谷氨酰胺和天冬酰胺）；1种含有巯基氨基酸（半胱氨酸）和R基团只有1个氢但仍能表现一定极性的甘氨酸。

（3）带正电荷的R基氨基酸：这类氨基酸的特征是在生理条件下带正电荷北京张博士医考整理，是一类碱性氨基酸。包括在侧链含有ε氨基的赖氨酸；R基团含有1个带正电荷胍基的精氨酸和含有弱碱性咪唑基的组氨酸。

（4）带负电荷的R基氨基酸：天冬氨酸和谷氨酸都含有2个羧基，在生理条件下分子带负电荷，是一类酸性氨基酸。

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