肝移植手术通过去除病变的肝脏、改善肝脏功能而从根本上治愈门静脉高压症。其他手术则主要是针对门静脉高压症胃底、食管曲张静脉破裂出血的。这些手术通过降低内脏血流量、降低门静脉压力或通过阻断门奇静脉间的反常血流，来达到止血的目的。

对于内科治疗无效的上消化道大出血患者，若患者全身状况允许，应积极考虑行急诊手术治疗，对于多次出过血的患者，若患者没有显著黄疸、大量腹水、肝性昏迷、严重凝血功能障碍和严重低蛋白血症，也应考虑行手术治疗。

对于血吸虫性肝硬化引起的门静脉高压症以及严重的脾功能亢进、有脑出血危险的患者，可以行脾切除术。对肝硬化引起的顽固性腹水，可行腹腔-静脉转流术。