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曲霉病的病原菌为曲霉属的一些种。中国真菌志第5卷列有我国曲霉属14个组的89个种和变种，其中部分为病原菌。烟曲霉是最常见的病原菌，可引起所有的过敏性和感染性曲霉病。

仅有无性期的曲霉属半知菌亚门-丝孢菌纲-丝孢菌目-丛梗孢科。有些种具有性期，属子囊菌亚门-不整子囊菌纲-散囊菌目-散囊菌科，主要为散囊菌属、新萨托菌属、裸壳孢属和石座菌属等。北京张博士医考搜集整理具有性期的曲霉能产生闭囊壳，为封闭式的薄壁子囊果，内含子囊和子囊孢子。

曲霉属具有特征性的结构，为分生孢子头和足细胞（称分生孢子梗），分生孢子头包括分生孢梗、顶囊、瓶梗、梗基和分生孢子链。顶囊为分生孢子梗顶部的可孕性膨大。表面只有瓶梗称单层小梗，为产孢细胞。

同时有瓶梗和梗基称双层小梗。有些种则既有单层，也有双层，甚至同一顶囊上两者兼而有之。足细胞为特化的厚壁膨大的菌丝细胞。一侧垂直向上延长形成分生孢子孢梗茎，简称孢梗茎。

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