超净工作台使用前应用紫外灯照射30～40分钟，并检查操作区周围各种可开启的门窗处于工作时位置。操作最好在操作区的中心位置进行，在设计上，这是一个较安全的区域。

在进行操作前应对实验材料有一个初步的认识，同时了解自已所使用的设备的性能及安全等级。严格执行实验室安全规程。特定病原在任何超净工作台中的使用必须进行安全性评估。如果实验材料会对周围环境造成环境污染，就应避免在无排气滤板的型号内使用，因为在流动空气中操作与散毒无异。

任何先进的设备并不能保证实验的成功，动物检疫实验室超净工作台的使用是以无菌和避免交叉污染为目的，因此熟练的操作和明确的无菌要领是必不可少的。