1.HLA-Ⅰ类基因在Ⅰ基因区内存在多达31个有关的Ⅰ类基因座，其中HLA-A、HLA-B和HLA-C为经典的HLA-Ⅰ类基因，其它基因的产物分布有限，且其功能不明，另外还有许多伪基因。

2.HLA-Ⅱ类基因 HLA-Ⅱ类基因区包括近30个基因座，其中经典的Ⅱ类基因一般指DR、DP和DQ，它们编码的产物均为双肽链（α、β）分子。近年来，陆续发现了一些位于Ⅱ类基因区的新基因座，其中某些基因的产物与内源性抗原的处理与呈递有关。

3.HLA-Ⅲ类基因 HLA-Ⅲ类基因区域至少已发现36个基因座，其中C2、C4、Bf座编码相应的补体成分，北京张博士医考搜集整理另外还有21羧化酶基因（CYP21A、B）肿瘤坏死因子基因（TNFA、B）以及热休克蛋白70（heat shock protein70，HSP70）基因。补体C4由二个不同的基因（C4A与C4B）编码。

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