这里仅简述原核微生物和真核微生物的分纲体系。

1 、 原核生物界（Procaryotae）

（1） 光能营养原核生物门

Ⅰ 蓝绿光合细菌纲（蓝细菌类）

Ⅱ 红色光合细菌纲

Ⅲ 绿色光合细菌纲

（2）化能营养原核生物门

Ⅰ 细菌纲

Ⅱ 立克次氏体纲

Ⅲ 柔膜体纲

Ⅳ 古细菌纲

2 、 真核微生物（Eucaryotic microbes）

真核策生物主要包括各类真菌，还有粘菌等。

真菌划分各能分类单位的基本原则是以形态特征为主，生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。丝状真菌主要根据其孢子产生的方法和孢子本身的特征，以及培养特征来划分各级的分类单位。一些病原真菌的鉴定，寄生和症状也可作为参考依据。真菌可分以下四纲：

Ⅰ 藻状菌纲 菌丝体无分隔，含多个核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。

Ⅱ 子囊菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成子囊孢子。

Ⅲ 担子菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成担孢子。

Ⅳ 半知菌纲 包括一切只发现无性世代未发现有性阶段的真菌。

粘菌也可分为四纲，即

Ⅰ 网粘菌纲 自细胞两端各自伸出长的粘丝并接连形成粘质的网络——假原质团。

Ⅱ 集胞粘菌纲 分泌集胞粘菌素，形成假原质团。

Ⅲ 粘菌纲 形成原质团，腐生性自由生活。

Ⅳ 根肿病菌纲 形成原质团，专性寄生。亦有将之归于真菌类。