组织学上，95%以上是鳞状细胞癌；腺癌占2-3%；未分化癌罕见。而位于胃贲门部的癌则以腺癌居多数，其次为未分化癌，鳞状细胞癌罕见。

1.鳞状细胞癌：食管鳞状主要组织直源食管粘膜鳞状细胞。分为高分化和低分化两种类型，细胞形态与其它部位相同。

2.腺癌：主要发生在胃贲门部，分为高分化与低分化两类型，与其它部位所见类型相同。

3.未分化癌：在食管和贲门部均属罕见。

4.类型不明：涂片内所见癌细胞无典型鳞癌、腺癌或未分化癌特征时，均列入此类。这尖癌细胞实际上是上述各型癌细胞的极不典型形态。

5.早期食管癌的脱落细胞特点

（1）癌细胞数量少，多为单个散在。

（2）涂片中可见重度核异质细胞，背景的炎症细胞少，红细胞罕见。

（3）癌细胞形态根据其分化程度，可为高分化型、低分化型或未分化型。