由于临床表现无特异性，确诊有赖于病原学和血清学诊断。

孕妇感染巨细胞病毒有两种情况，一种初次感染，即孕妇在怀孕期间第一次发生感染，感染在整个孕期任何时间都有可能发生。另一种情况是复发性感染，指孕妇在怀孕之前已经感染了病毒，当初症状轻微或没有症状，但病毒潜伏在体内，当女性怀孕后机体的抵抗力下降，潜伏的病毒会再度活跃繁殖，就出现了复发性感染。

先天性巨细胞病毒感染的诊断，除根据孕妇感染巨细胞病毒史和患儿的临床表现外,主要根据实验室检查结果确诊。若为宫内感染，出生时从新生儿尿液或脑脊液中能检出巨细胞病毒包涵体，或从脐血或新生儿血中检测出巨细胞病毒IgM，具有诊断价值。若为产道感染，至少于生后2周方能从新生儿尿液中检出巨细胞病毒包涵体。此外，新生儿尿液、胃液、脑脊液沉渣作涂片并染色后，在光镜下查到巨大细胞内含典型嗜酸性核内包涵体，同样具有诊断价值。