1、子宫内膜缺陷是引起宫颈妊娠的主要病因，如人工流产、刮宫术、放置宫内节育器、剖宫产术及慢性子宫内膜炎等破坏子宫内膜甚至造成宫腔粘连，着床期子宫内膜发育不良和受限，使正常位置内膜不适合胚胎的种植而孕卵游走着床在宫颈管黏膜处内。由上述子宫的创伤所致宫颈内口松弛使宫颈妊娠的可能性增加。

2、子宫先天发育不良、内分泌失调、子宫畸形或子宫肌瘤特别是黏膜下肌瘤造成宫腔变形影响孕卵在宫腔内着床。受精卵运行速度过快，在子宫内膜着床窗口期前进入宫颈管而在颈管内种植；或因子宫内膜尚未完全成熟，与孕卵种植窗口不同步，使孕卵游走着床而种植在宫颈管。

3、辅助生育技术的应用，宫颈管内操作及多个胚胎移植是体外受精胚胎移植后引起宫颈妊娠的高危性因素。