虽然同样是经过全国统一考试，能在全国范围内通用的资格证书，但是，执业医师资格的含金量明显是要高于执业助理医师的。

考取卫生资格中级职称必须要先考执业医师资格。虽然同属初级职称，但是，执业助理医师的薪资福利待遇以及补贴都要低于执业医师，而且助理医师没有处方权。

报考执业医师资格，必须具备高等学校医学专业本科及以上学历，且在执业医师指导下，在医疗、预防、保健机构中试用（或实习）期满一年。

如果只有专科学历，则必须先考取执业助理医师资格，获取从业资格之后，还必须要在正规的医疗、预防、保健机构中工作满一定年限才能报考。一般来说，大专学历需要从业2年的经历，中专学历则需要5年。（注：以上报考年限要求依据2022年起施行的《中华人民共和国医师法》，具体执行以当年官方公告为准。）

执业医师和执业助理医师资格考试的实践技能考试部分可能差别不太大，但是，在医学综合笔试部分，执业助理医师考试的难度就要比执业医师低得多。同样的考试时间内，执业助理医师的笔试题总题量只有执业医师的一半。

此外，医学综合笔试全部采用选择题的形式，使用A型和B型题，共有A1（单句型）、A2（病历摘要性）、A3（病例组型）、A4（病例串型）、B1（标准配伍型，即多题共用备选答案）五种题型。执业助理医师考试会适当减少或不采用A3型题，考试难度明显降低。

在正规医疗、预防、保健机构中，拥有执业医师资格的人可以聘为医师，拥有独立的处方权，而拥有执业助理医师资格的人则只能被聘为医士，要在医师的指导下才能进行处方。

拥有医师资格，是医生独立开办医院、诊所的必要条件，执业助理医师则无法享有此项权利。依据2022年施行的《中华人民共和国医师法》及后续配套规定，执业医师拥有申请异地、跨省执业的资格，而执业助理医师的执业地点通常限制在县级行政区域内（但在乡镇、村等基层或边远地区，可根据情况独立从事一般执业活动）。