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疫苗通过模仿感染来激活人体的免疫系统，但不会导致疾病。它们含有经过处理或减弱的病原体（如病毒或细菌），或者只含病原体的一部分，比如蛋白质或糖类。当这些成分被引入体内后，免疫系统会识别它们为外来入侵者，并启动一系列防御机制。

首先，抗原呈递细胞（APCs）例如巨噬细胞和树突状细胞会吞噬疫苗中的成分，然后将它们分解成小片段，即抗原。接着，这些细胞会在其表面展示抗原，并迁移到淋巴结等免疫组织中激活T细胞和B细胞。

被激活的T细胞可以分化为不同的亚型，包括辅助性T细胞（Th），它们能进一步促进其他免疫细胞的功能；还有杀伤性T细胞（CTLs），能够直接杀死感染了病原体的宿主细胞。同时，B细胞在受到刺激后会转变成浆细胞，产生特异性抗体来结合并中和病原体或其毒素。

随着免疫反应的发展，一部分参与其中的淋巴细胞还会成为记忆细胞，即使在初次接触病原体后的很长时间内仍然保持活跃状态。如果人体再次遭遇同样的病原体时，这些记忆细胞能够迅速响应，快速产生大量效应分子（如抗体）和效应细胞，从而有效地预防疾病的发作。

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