细胞间质，大部分为矿化间质，其中分布细小胶原纤维，主要为I型胶原。

据矿化程度不同分以下6种：①管周牙本质，矿化程度最高；②管间牙本质，矿化程度最低；③球间牙本质，矿化不良时，矿质小球间出现一些未矿化的牙本质；④生长线又称冯埃布纳线，与牙本质小管垂直的间歇线纹；⑤托姆斯颗粒层，牙纵剖磨片中根部牙本质透明层的内侧有一层颗粒状的未矿化区；⑥前期牙本质，成牙本质细胞和矿化牙本质之间总有一层尚未矿化的牙本质。

透明牙本质又称硬化性牙本质，成牙本质突起变性，矿物盐沉着而封闭小管，其小管和周围间质的折光率一致，故在磨片上呈透明状。

死区：小管内的成牙本质细胞突起变性分解，小管内充满空气，镜下呈黑色，其近髓端常有修复性牙本质形成。

釉质牙骨质界：60%少量牙骨质覆盖牙釉质表面，30%牙釉质与牙质骨端相连，10%牙釉质和牙骨质分离。

牙髓可分为四层：靠近牙本质的成牙本质细胞层、无细胞层又称Weil层、多细胞层、髓核。