A．抑制其DNA聚合酶

B．抑制其转肽酶

C．抑制其RNA聚合酶

D．与核糖体小亚基结合并改变其构象

E．抑制其拓扑异构酶

解析：链霉素可与结核菌核糖体小亚基结合并改变其构象，从而引起读码错误，使细菌蛋白失活。本题正确答案是D。