结肠镜可被用于结肠息肉或结肠癌高危人群（如有结肠癌家族史者）的筛选，对钡剂灌肠异常的患者作进一步检查，明确隐性或活动性消化道出血的部位或无法解释的（小细胞性的）贫血的原因，对结肠癌患者手术前后其他病变的评价，确定炎症性肠病的程度；其治疗适应证包括：息肉的摘除，出血部位的凝固，肠扭转或肠套叠的复位，急性或亚急性结肠扩张的减压。绝对禁忌证包括急性休克，急性心肌梗死，腹膜炎，肠穿孔及暴发性结肠炎。相对禁忌证包括肠道准备不好或肠道大出血，患者合作差，憩室炎，近期腹部手术，有多次盆腔手术史或大的疝。作过心脏或近端关节修复术的患者需用抗生素预防心内膜炎。

术前准备包括给患者服用泻剂并灌肠，或口服肠道灌洗液（如聚乙二醇电解质溶液）。令患者取左侧卧位，静脉注射麻醉剂和/或安定以镇静。在直肠肛诊后，将结肠镜轻柔地通过肛门括约肌插进直肠，在直视下注入空气，并将结肠镜推进至盲肠和回肠末端，极少需要X线透视检查。患者可能感到痉挛样不适，这可通过将空气吸出，转动，后退镜筒或另外给止痛剂予以缓解。肉眼观察肠粘膜的结构，并通过照相，收集异常肠粘膜的脱落细胞或活检作出诊断性评价。

用连接在有地线的外科电凝电切器上的可弯曲金属套圈作息肉摘除术，将套圈置于息肉颈部，拉紧，通电后即可将息肉摘除。对于出血，可用带有双极探头的电烙器，热探头或注射治疗剂作凝血治疗。

并发症与上消化道内镜的并发症相似，但发生率较高。电烙摘除息肉并发出血者为1.7%，并发穿孔者为0.3%.