本病的病因至今尚未明确，可归纳为以下方面：

1．遗传因素 克罗恩病在某些种族人群发病率高；有家族性高发病率；患者直系亲属发病率为5%～25%；同卵双生同患病率较其他人高17～35倍；研究显示发病与HLA-DR4等血清抗原有关。近期一组55个儿童CARD15基因研究发现，65%的儿童至少有一个与CD发病相关的基因突变，且基因型明显影响其临床表现型。

2．感染 因素因从本病患者肠道和肠系膜淋巴结培养出某些分枝杆菌，使被接种动物产生体液和细胞介导的免疫反应及肠道的非干酪性肉芽肿，认为发病与其感染有关，但在正常人中也可发现这些分枝杆菌，故此论点未能被公认；另有用患者肠组织血浆滤液，使被接种动物肠道出现脓肿、溃疡、肉芽肿，提示有某种病原体转移，但未能明确。

3．自身免疫因素 目前认为本病与机体对肠道内各种抗原刺激的免疫应答反应异常有关。理由如下：患者炎性病变中有淋巴细胞、浆细胞、肥大细胞增生；同时伴有其他免疫异常疾病；合并肠外表现；免疫抑制剂和激素可改善本病临床症状；有自身抗体等异常。

4．其他因素 有认为精神和神经因素对本病的发生起作用，因研究发现本病患者常伴有焦虑或抑郁，但未发现其直接介导作用。神经体液方面的某些肽类物质参与免疫调节反应，但不能证实对本病有特异性。

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