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本病应注意与高热惊厥，流行性乙型脑炎等疾病相鉴别。

1、高热惊厥多见于6个月—3岁小儿，常常再生上感体温突然升高时出现惊厥，抽搐时间短、止惊后一般情况好、无感染中毒的其他症状。一次病程多发生1次惊厥，分常规正常。

2、流行性乙型脑炎发病季节、高热、惊厥与本病相似，但昏迷多在2—3天后发生、多不出现循环衰竭，脑脊液检查可异常而粪便检查正常。

3、与其他侵袭肠粘膜细菌所致肠炎、结肠炎的鉴别主要依据大便致病菌培养结果确诊。

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