A．螺旋体

B．放线菌

C．衣原体

D．真菌

E．立克次体

解析：真菌属于真核细胞型微生物，具有完整的细胞核、核膜及核仁，且细胞器完整。其他微生物均属于原核细胞型微生物，其结构均仅含有DNA和RNA的核质(或称拟核)，无核膜与核仁，细胞器亦不完善，仅有核糖体(亦称核蛋白体)。因此正确答案是D。